Im Jahr 1983 gründete Geschäftsführer Beat Kipfer zunächst die Firma „Kipfer Internationale Transporte“. Diese startete zunächst im Speditionsgeschäft Europas mit nur einem Sattelschlepper. Das Unternehmen wuchs stetig und wurde im Jahr 2003 zur Rechtsform der GmbH umgewandelt. Bereits in diesem Jahr wurden dann GPRS-überwachte, temperaturgeführte Transporte in ganz Europa für Kunden aus der Schweiz durchgeführt. Im Jahr 2008 fand die Zertifizierung ISO 9001:2008 im Unternehmen statt und auch die SQAS Assessments wurden erfolgreich abgeschlossen.
Beat Kipfer startete im jahr 2009 die Zusammenarbeit mit dem Logistikunternehmen Frigo-Trans GmbH, welches in Deutschland ansässig ist. Im Jahr 2012 wurde aus „Kipfer Internationale Transporte“ dann ein Schweizer Standort der Frigo-Trans Gruppe mit dem Namen „Frigo-Trans Schweiz GmbH“. Die Zusammenführung von Wissen und Expertise bildete eine solide Basis für langfristiges Wachstum. Auch das Leistungsportfolio des Unternehmens konnte so noch präziser auf die Anforderungen und Bedürfnisse der Pharmaindustrie ausgerichtet werden.
Im Jahr 2014 wurde Beat Kipfer Member of TAPA und war das erste Logistik Unternehmen in der Schweiz, wo die Zertifizierung TAPA 2012 erfolgreich abgeschlossen hat.
Im Sommer 2020 wurde, trotz den Unannehmlichkeiten durch Corona, die Firma wieder komplett von der Frigo Trans Deutschland gelöst und in Kipfer Logistik GmbH umfirmiert. In diesem Zuge wurde die Kipfer Logistik GmbH auch auf die höchste TAPA Stufe 1, ISO 9001:2015 und GDP zertifiziert und erhielt die SQAS Bescheinigung.